Поиск по сайту:

Биологические науки

Назад ко всем разделам РГБ

id: 946. Кандидатская диссертация

Использование нового метода ПЦР-фингерпринтинга для дифференциации микроорганизмов на низших таксономических уровнях.

Автор: Цыганкова Светлана Валерьевна

Код специальности: 03.00.07 - Микробиология

2004 год.

Содержание:

ВВЕДЕНИЕ 6

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 9

ГЛАВА 1. Методы идентификации микроорганизмов 9

1.1. Идентификация микроорганизмов, основанная на фенотипических методах 9

1.2. Идентификация микроорганизмов, основанная на генотипических методах 12

1.2.1. Определение ГЦ состава молекул ДНК 12

1.2.2. ДНК-ДНК и ДНК-РНК гибридизация 12

1.2.3. Секвенирование белков и нуклеиновых кислот 13

1.2.4. Использование ДНК-зондов для обнаружения бактерий и изучения состава микробных популяций 18

1.2.5. Краткая характеристика бактериального генома 21

1.2.6. Использование ПНР со специфичными праймерами для обнаружения и идентификации бактерий 22

1.2.7. ДНК-фингерпринтинг 27

ГЛАВА 2. Характеристика отдельных групп бактерий 3S

2.1 Фитопатогенные бактерии родаXanthomonas 38

2.1.2. Генетические взаимоотношения внутри видаX campestris 4L

2.2. Бактерии группы Bacillus cereus 46

2.2.1. Энтомопатогенные бактерии вида Bacillus thuringiensis 47

2.2.2. Методы идентификации и классификации бактерий вида Bacillus thuringiensis 49

2.2.3. Методы, используемые для идентификации cry генов 51 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

ГЛАВА 3. Материалы и методы исследования 53

3.1. Объекты исследования 53

3.2. Выделение препаратов ДНК из биомассы 57

3.3. ПЦР со специфическими праймерами к cryl, сгуЗ и сгу4 генам 57

3.4. ПЦР с KRP и KRPN праймерами 59

3.5. ПЦР с использованием праймеров к различным повторяющимся элементам 60

3.6. Очистка фрагментов ПЦР в агарозе 60

3.7. Филогенетический анализ 61

3.8. Клонирование ПЦР-фрагментов 61

3.8.1. Приготовление компетентных клеток 61

3.8.2. Лигирование 62

3.8.3. Трансформация клеток плазмидной ДНК 64

3.8.4. Выделение плазмидной ДНК 64

3.8.5. Рестрикционный анализ плазмидной ДНК 64

3.9. Секвенирование плазмид со вставкой 64

3.9.1. Мечение праймеров 64

3.9.2. Постановка реакции секвенирования 65

3.10. SCAR-ПЦР анализ 66

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 67

ГЛАВА 4. Подбор олигонуклеотидных праймеров для проведения DIR-ПЦР.. 67

ГЛАВА 5. Оптимизация условий проведения DIR-ПЦР 68

5.1. Оптимизация условий DIR-ПЦР для бактерий родов Xanthomonas и Bacillus 70

ГЛАВА 6. Изучение генетических взаимоотношений между изолятами Xanthomonas campestris pv. Campestris 78

6.1. Сиквенсный анализ нуклеотидных последовательностей 16S рРНК и межгенной области 16S-23SpPHK 78

6.2. Получение видо- и штаммо-специфичных фингерпринтов на ДНК Xanthomonas, выделенных в различных географических ареалах 82

6.3. Фенетический анализ полученных геномных фингерпринтов 87

6.4. Сравнение эффективности DIR-ПЦР и rep-ПЦР при изучении генетического полиморфизма штаммов Xanthomonas 90

6.5. Разработка и тестирование SCAR праймеров для Xanthomonas campestris 93

ГЛАВА 7. Изучение внутривидового разнообразия энтомопатогенных бактерий вида Bacillus thuringiensis 98

7.1 ПЦР-анализ с использованием праймеров, специфичных к cryl, cry 3 и cry 4 генам 99

7.2. Секвенирование и рестрикционный анализ ПЦР-фрагментов, соответствующих cry генам 101

7.3. Сиквенсный анализ 5'-концевых областей 16S и 23S рРНК и межгенной области 16S-23SpPHK 104

7.4. Изучение энтомопатогенных штаммов В. Thuringiensis методом DIR-ПЦР 105

7.5. ПЦР-анализ энтомопатогенных штаммов В. Thuringiensis с применением праймерных систем к мобильным элементам, межгенным повторам и к терминаторным последовательностям НО

7.6. Фенетический анализ ПЦР-фингерпринтов энтомопатогенных бактерий вида В. Thuringiensis 112

7.7. Разработка и тестирование SCAR праймеров для В. Thuringiensis, патогенных в отношении насекомых отряда Lepidoptera 117

ГЛАВА 8. Выявление геномных различий диссоциантов штаммов Bacillus cereus и Bacillus subtilis 122

8.1. Проверка видовой чистоты диссоциантов В. Cereus 125

8.1.1. Сиквенсный анализ 5'-вариабельной области гена 16S рРНК 125

8.1.2. Проверка диссоциантов В. Cereus на наличие cry генов 125

8.2. ПЦР-анализ диссоциантов В. Cereus с использованием праймеров к мобильным элементам 126

8.3. Фенетический анализ ПЦР-фингерпринтов диссоциантов В. Cereus и В. Subtilis 131

ГЛАВА 9. Анализ таксономической надежности и разрешающей способности DIR-ПЦР в сравнении с другими методами ДНК-фингерпринтинга на примере видов Bacillus thuringiensis и Xanthomonas campestris 136

9.1. Анализ штаммов родаXanthomonas 137

9.2. Анализ штаммов ват Bacillus thuringiensis 142

ВЫВОДЫ 147

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 148

ПРИЛОЖЕНИЯ 164

<

Цена: 640 рублей.

Заказать доставку

Похожие диссертации:

610Роль структурно-функциональных изменений малатдегидрогеназы в адаптации микроорганизмов к факторам внешней среды
Парфёнова Наталья Владимировна

ВВЕДЕНИЕ 5

ГЛАВА1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 10

1.1. Физиолого-биохимические особенности жизнедеятельности микроорганизмов родов Beggiatoa, Leucothrix, Vulcanithermus 10

1-1.1. Р

367Алгоритмические аспекты метода конечных элементов
Серодова Галина Александровна
939Разработка метода проектирования брюк на фигуры с разной мышечной массой
Доронина Н. В.

Введение. Общая характеристика работы 6

1. Современный анализ проблемы разработки теоретических основ и установления закономерностей проектирования одежды на фигуры типового и нетипово

782Уголовная ответственность за незаконное использование товарного знака
Демьяненко Елена Владимировна

Введение

ГЛАВА I Развитие уголовного законодательства России об ответственности за незаконное использование товарного знака

ГЛАВА II Уголовно-правовая характеристика состава п

779Уголовная ответственность за незаконное использование товарного знака
Склярук Сергей Анатольевич

Введение. С.З

Глава 1. Общая характеристика уголовно-правовых мер борьбы с незаконным использованием товарного знака. С.12

§1.История развития российского уголовного законодатель

717Разработка метода очистки поверхностного стока с проезжей части автомобильных дорог
Касаткин Андрей Валерьевич

Введение 9

1. Обзор литературы 11

1.1. Анализ состояния проблемы 11

1.2. Характеристика загрязняющих веществ поверхностного стока с проезжей части автомобильных дорог 15

1128Государственное регулирование страховой деятельности: мировой опыт и его использование в России
Ромашкин Алексей Владимирович

Введение 3

Глава 1. Предпосылки и основные направления государственного регулирования в м

318ПОЛУЧЕНИЕ ТЕМНЫХ НЕ ФТЕП ОЛИ МЕРНЫХ СМОЛ И ИХ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ В КАЧЕСТВЕ ДЕПРЕССОРНЫХ ПРИСАДОК
КОПЫТОВ МИХАИЛ АЛЕКСАНДРОВИЧ

СОДЕРЖАНИЕ............................................................................................................2

СПИСОК ОСНОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ...........................................

269Разработка и научное обоснование эффективного метода контроля состояния металла по параметрам рассеяния характеристик твердости
Волчек Наталья Леонидовна

Введение……………………………………………………………… 4

1.1 Стадии структурных изменений в материале в процессе деформирования…………………………………………………...… 8

1.2 Модели, описывающие процесс накопления расс

783Уголовная ответственность за незаконное использование товарного знака по законодательству России и зарубежных стран
Кондрашина Валентина Анатольевна

Глава 1. Юридический анализ состава незаконного использования товарного знака 17

§ 1. Объект и предмет состава незаконного использования товарного знака 17-41

§ 2. Объекти

Назад ко всем разделам РГБ